O Museu de Arte e Arqueologia do Vale do Côa abriu as portas 15 anos depois da polémica que suspendeu a construção da barragem devido aos protestos de ambientalistas e de especialistas em arte rupestre.
O equipamento cultural representou um investimento de cerca de 18 milhões de euros, passando a ser o principal ponto de acolhimento do Parque Arqueológico do Vale do Côa (PAVC). Foi construído com o objectivo de divulgar e contextualizar os achados arqueológicos do vale do Côa descobertos em 1994 e que estiveram na origem da suspensão das obras de construção da barragem. O processo teve como ponto alto Outubro de 1995, quando o Governo de António Guterres ordenou a suspensão da construção da barragem na foz do Côa, devido às gravuras rupestres encontradas e classificadas pela UNESCO como Património da Humanidade, em Dezembro de 1998. Com a identificação de diversos núcleos de gravuras e depois de vários protestos e debate público, nasceu o PAVC considerado como o maior museu do mundo ao ar livre do Paleolítico. As gravuras, que já eram referenciadas por pastores locais, ganharam fama mundial após o arqueólogo Nelson Rebanda ter identificado a denominada rocha da Canada do Inferno. Após muita polémica, que dividiu os habitantes de Foz Côa, a construção da barragem foi interrompida e a EDP foi indemnizada em muitos milhões de euros. Após avanços e recuos, incluindo a alteração do local de construção do museu - inicialmente projectado para o sítio onde a barragem começou a ser edificada, na Canada do Inferno, mas posteriormente deslocado para uma encosta sobranceira à confluência dos rios Douro e Côa, no vale José Esteves, na zona norte do PAVC - a obra começou no terreno no início de 2007. Naquele local, os autores do projecto, Tiago Pimentel e Camilo Rebelo, idealizaram um monolito com janelas em frestas, semi-enterrado e com oito metros de altura na vertente virada para o vale do Douro. De acordo com a memória descritiva, o trajecto expositivo foi desenvolvido de forma a possibilitar duas alternativas: um percurso cronológico e outro temático, estando também previstos espaços para acolhimento de exposições temporárias. O projecto foi concretizado mais tarde do que o previsto, em parte, por o Governo PSD/CDS-PP ter decidido uma nova localização para o museu, lembra o antigo deputado socialista Fernando Cabral.